成立于1992年，复旦大学旗下附属司法鉴定机构，主营法医病理鉴定、法医临床鉴定、法医物证鉴定等业务的专业化企业，2007年被司法部确定为国家司法鉴定人转岗培训基地。
复旦大学上海医学院司法鉴定中心(原上海医科大学法医学鉴定中心)于1992年成立。2002年7月29日经上海市司法局审核确认，设立“复旦大学上海医学院法医学鉴定中心”(司法鉴定许可证证号：310099017)。本鉴定中心隶属于复旦大学。2010年12月经上海市司法局批准，本鉴定中心正式更名为：复旦大学上海医学院司法鉴定中心。
本鉴定中心作为高等医学院校的司法鉴定机构，充分发挥高校优势，依托复旦大学实力雄厚的基础医学和临床医学学科，有完好的学术梯队，良好的教学基地，充足的教学、科研和鉴定资源，大量科研经费和课题。满足司法行政机关规定的资金、场地、设备的要求。
本鉴定中心成立以来，坚持实事求是、科学鉴定的原则，做到严谨求实、独立公正、科学规范、准确客观，为司法实践活动提供了科学依据，鉴定结果采信率达到99%以上，取得了良好的社会效益。本鉴定中心面向社会，接受全国公、检、法、司等机关以及企事业单位、社会团体和个人的委托，对诉讼、仲裁等活动中所涉及的专门性问题进行检验/检测。
本鉴定中心的业务范围：法医病理鉴定、法医临床鉴定、法医物证鉴定、法医毒物鉴定、痕迹鉴定和法医精神病鉴定。法医病理鉴定主要是尸体检验，结合实验室检查，进行死亡原因鉴定及致伤物推断等;法医临床鉴定主要是从事人体损伤程度鉴定和人体伤残等级鉴定等;法医物证鉴定主要是亲子鉴定和个人识别等;法医毒物鉴定主要是血液中乙醇等的检测;痕迹鉴定主要是对车辆碰撞痕迹等的检测;法医精神病鉴定主要是精神障碍损伤程度，伤残等级鉴定及行为能力、刑事责任能力等鉴定。鉴定中心目前有注册司法鉴定人46名，其中高级职称鉴定人23名，占50%。
本鉴定中心在上海市中山北一路666号设立邯郸鉴定点，由中心统一管理。邯郸鉴定点拥有法医临床鉴定的固定场所及相关设施，负责本中心在上海市东北片区的法医临床鉴定，鉴定项目有损伤程度鉴定和伤残等级鉴定等。
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