吉林吉农高新技术发展股份有限公司成立于1999年4月，2012年9月，吉林省政府批复公司为省属企业，吉林省农科院为国有资产出资人。2016年6月，按照吉林省国企改革领导小组有关精神，公司直接划归吉林省国资委管理，按照“一变全不变”的原则，仍由吉林省农科院代表省国资委行使出资人职责。
公司设有行政管理部、人力资源部（党办）、事业发展部、财务资金部、公司工会、审计部等职能部门；公司拥有自主研发机构--北方农作物优良品种开发中心，依托吉林省农科院技术力量开展研发工作；质量检控中心是吉林省较早通过实验室质量体系认证；公司自建面积3500平方米的以玉米、水稻、大豆、高粱种子及农药、肥料等产品的批发零售市场---“吉农高新农民科技服务中心”，被农业部确定为农业生产资料定点市场；同时成立8个分子公司具体进行经营运作。
公司现有员工243人，其中，中高级科技人员90人，博士7人，硕士39人，国家和省级拔尖人才及享受政府特殊津贴的专家20人。先后承担了国家科技攻关课题、国家“863”课题、国家“973”课题、国家计委大型产业化项目、农业部、省政府各类重要项目220多项。
作为以种业为主营业务的公司，玉米、水稻等种业规模在东北三省名列前茅。建立了稳定规范的良种繁育基地，拥有一批高素质的专业生产技术人员，全过程采用ISO9001—2000质量管理体系进行管理与控制，在实践中探索出独具特色的高效生产基地管理模式。建成大型成套种子加工生产线，玉米种子年加工能力5万吨，水稻种子年加工能力2.5万吨。玉米、水稻种业建有标准化库房共计2万多平方米，种子晒场6万多平方米。在东三省及内蒙、陕西、山西、河北、新疆等春玉米区拥有稳定的客户群和营销渠道。
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