科学出版社为适应社会主义市场经济，在组织结构、选题结构、市场结构、经营管理机制等方面进行大幅度的调整。其目标是：立足知识创新工程的源头，以知识创 新成果的归纳整理、传播转移、普及提高为己任，把科学出版社办成中国最大、学术水平最高、综合性最强的国际化出版机构，并在此基础上发展中国科学出版集团。
科学出版社至2010年共出版图书20000余种；期刊300余种，20000余期。现每年出书2000余种（其中外文版图书30余种），每年出版的科技学术著作占全国同类书的12.5%。期刊150余种（其中外文期刊29种），出版的学术类期刊占全国同类期刊的15%。还积极发展以科技为题材的音像和软件、光盘等电子出版物。
自1982年以来，科学出版社在连续七届全国优秀科技图书评比中始终名列首位，有40余种图书获一等奖或特别奖，先后有200余种图书在国家级、省部级以上的评奖中获奖，在历届优秀科技图书评奖和科技期刊评奖中始终名列前茅。
1993年荣获国家首批“全国优秀出版社”称号。
2007年荣获“首届中国出版政府奖先进出版单位奖”。
科学出版社出书7000余种（含重印书），期刊200多种。由北京地区出版产业竞争力研究课题组近几年连续刊发的《北京地区出版社竞争力排行榜》年度报告中，科学出版社的竞争力位居全国科技类出版社榜首，在全国出版社中名列第三、四位。
科学出版社出版的期刊大都是在国内一流和国际上有影响的期刊，许多期刊被世界权威的SCI、CA、SA、EI等六大检索系统收录。
科学出版社在上海、武汉、沈阳、长春、成都、深圳等大城市设有办事处或发行站。在改革开放中，为进一步加强与外界的联络，在美国纽约、中国香港分别设立了科学出版社纽约出版公司和香港科华出版有限公司，与十几个国家和地区的80多家出版公司建立了合作关系。全国科学技术名词审定委员会和中国科学院科学出版基金委员会的办事机构也设在该社。
作为中国科学出版集团的核心企业，科学出版社正积极推进集团文化体制改革，努力完成中国科学出版集团“一个平台、两个中心”的建设，即建立集团科技内容资源平台，以适应数字化出版和内容产业发展的需要，同时将集团建设成为中国优秀科技成果的发布中心和国外优秀科技成果的引进中心，成为以STME为主要出版领域的高水平、综合性、国际化的科技出版集团，为促进中国科技走向国际做出贡献。
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